Trumpa bažnyčios istorija

Vilniaus vaivada Kazimieras Sapiega 1697 m. jėzuitams padovanojo sklypą Šnipiškėse. Čia Vilniaus žemės raštininkas Mykolas Koščicas 1703 m. pradėjo statyti bažnyčią. 1709 m. sumūrytos sienos ir dalis vieno bokšto. 1730 m. bažnyčia buvo pašventinta. 1752 m. įrengtas didysis altorius.

1703–1740 m. prie bažnyčios pastatytas jėzuitų vienuolynas. Panaikinus jėzuitų ordiną, 1773 m. bažnyčia ir vienuolynas buvo perduoti pijorų vienuoliams. 1791 m. šv. arkangelo Rapolo bažnyčia tapo parapijine. 1812 m. Vilnių užėmus Napoleono kariuomenei, bažnyčia labai smarkiai nukentėjo. 1832 m. Lietuvoje uždraudus Pijorų ordino veiklą, bažnyčia buvo uždaryta ir paversta kariniu sandėliu. 1860 m. ji buvo suremontuota ir perduota katalikams bei veikia iki šių dienų.